پیش از سال 1352 "دارالتحریر شاهی" و "وزارت دربار سلطنتی" عهده دار وظایف مانند تنظیم ملاقاتها و تحریر مکاتیب، مراسلات، پیامها، احکام و فرامین بودند و از چگونگی تطبیق امور، زمامدار وقت را مطلع میساختند.
با روی کار آمدن محمد داودخان و استقرار نظام جمهوری، "دارالتحریر شاهی" به "دفتر ریاست جمهوری" توسعه یافت و تمام امور انتظامی، دیپلوماتیک، تشریفات، خدمات، محافظت، پلان و پالیسی ریاست جمهوری را بر عهده گرفت.
"دفتر ریاست جمهوری" بعد از کودتای هفتم ثور 1357 ه ش، به دفتر "هیئت رئیسه شورای انقلابی" مسمی گردید. این دفتر عهدهدار محافظت از ارگ، تهیه خدمات لوژستیکی ریاست جمهوری، تشریفات، تنظیم ملاقاتها، و امور تحریرات بوده و دارای یک تعداد ادارت سکتوری بود که از این طریق، امور کاری وزارتها و ادارات دولتی در حیطه صلاحیت هیئت رئیسه شورای انقلابی، تنظیم و هدایات لازم غرض اجرأت صادر میگردید، با به تعلیق در آمدن قانون اساسی و سایر قوانین، صلاحیت تدوین و صدور احکام، فرامین و نشر فیصلههای دولتی را نیز کسب کرد.
در سال 1366 ه ش، پس از انتخاب رئیس جمهور، توسط لویه جرگه " دستگاه ریاست جمهوری افغانستان" تشکیل شد که هدف اساسی ایجاد دستگاه ریاست جمهوری، تنظیم امور ریاست جمهوری در ابعاد مختلف اقصادی، سیاسی، اجتماعی، فرهنگی، دفاعی و امنیتی بود. این دستگاه متشکل از ادارات سکتوری، از جمله حراست قانون و امور قضایی، اقتصاد ملی و بازسازی، روابط بین الملل به شمول بخش تشریفات، ارتباط با احزاب سیاسی و سازمانهای اجتماعی، دفاع و امنیت، دفتر مطبوعاتی، شوراهای اقوام و قبایل و امور پارلمانی، اداره فرهنگی و خدمات اجتماعی، اداره امور اسلامی، کنترول و تفتیش، نشانها و مدالها بود و در کنار آن مسئولیت امور خدماتی و حمایوی را " ریاست اداره امور" به عهده داشت.
زمانیکه دستگاه ریاست جمهوری ایجاد گردید سیستم نظام صدارتی بود، ولی دستگاه ریاست جمهوری به مثابه دفتر رئیس جمهور، حیثیت اداره رهبریکننده را داشت، چنانچه در ساختار تشکیلاتی آن، دستیار رئیس جمهور و چهار معاون رئیس جمهوری، منحیث هیئت رهبریکننده اداره، فعالیت نموده و ادارات سکتوری، در بخشهای حکومتداری (قوه قضاییه و مقننه) به معاون اول ریاست جمهوری و بخشهای اقتصادی، اجتماعی و نظامی به معاون دیگر رئیس جمهور تعلق داشته و از جانب آنها رهبری میگردید و مکاتبات به امضای آنها به ادارت و ارگانهای دولتی صادر میگردید، همچنان با یک تشکیل نهایت ساده و داشتن کارشناسان تخصصی و مسلکی، به سطح دوکتورا و ماستر که کمتر در بین آنها لیسانس وجود داشت، از نخبهترین و مجربترین کادرهای دولتی برگزیده شده بودند که همه آنها، منحیث افراد مسلکی، عضویت جلسات رهبری وزارتهای مربوطه را داشتند، علاوه بر آن کارشناسان بخشهای مربوط را طبق پلان بررسی و ارزیابی نموده و از نتیجه به مقام ریاست جمهوری، گزارش ارایه میکردند که در صورت لزومدید مقام عالی، با صدور احکام و فرامین، به ادارات دولتی وظایف مشخص سپرده میشد و یا اینکه غرض ارزیابی و بحث به جلسه شورای وزیران محول میگردید.
همچنان این اداره به مثابه اداره پالیسیساز، عرض اندام نموده و فیصله عمده و اساسی شورای وزیران، توسط فرمان رئیس جمهور توشیح میگردید.
پس از استقرار دولت اسلامی افغانستان، در سال 1371 دستگاه ریاست جمهوری و ریاست اداره امور (با ارتقای آمریتهای آن به ریاست) " ریاست عمومی اداره امور" را شکل دادند.
در این دوره، ریاست عمومی اداره امور نقش رهبریکننده و انسجامدهنده خویش را از دست داده و تعداد زیادی کارشناسان متخصص، از وظایفشان منفصل و یا ترک وظیفه نمودند و اداره امور با تورم تشکیلاتی به مثابه اداره اجرائیوی، صرف در طی مراحل پیشنهادهای وزارتها، منحصر مانده و به مثابه یک اداره اجرائیوی مبدل گردید.
با روی کار آمدن طالبان و تعیین قندهار به عنوان مرکز حکومت، آنان نیز امور اجرائیوی و ارتباطی را به همین اداره واگذار کردند، چنانچه تشکیل صدارت عظمی، از حکومت حذف گردید و اداره کنترول و تفتیش، ریاست مبارزه با حوادث، اداره سرمایهگذاری خصوصی و ارگانهای محلی، در تشکیل " ریاست عمومی اداره امور" مدغم شدند. تعدادی زیادی از کادرهای مجرب و سابقهدار ریاست عمومی صدارت عظمی نیز جذب ریاست عمومی اداره امور گردیدند و شورای قانون اساسی که قبلا اداره مستقل بود، شامل تشکیل این اداره گردید.
در زمان طالبان همچنان، اداره امور با کرکتر اجرائیوی ایفای وظیفه نموده، صرف با ادغام چند اداره در تشکیل آن، در شیوه اجرأت آن کدام تغییرات رونما نگردید.
با ایجاد دولت انتقالی در سال 1381 ه ش، بعضی از آمریتهای ریاست عمومی اداره امور، به سطح ریاست ارتقا یافتند، اما ریاست عمومی کنترول و تفتیش، ریاست مبارزه با حوادث، اداره سرمایهگذاری خصوصی و ریاست دفتر مقام ریاست جمهوری، یکی پی دیگری بحیث واحدهای بودجوی مستقل، از تشکیل این اداره جدا شدند.
مرکز تحقیقاتی ریاضی-فلسفی جهان و ریاست انتقالات بندر حیرتان، دیگر ریاستهای بودند که در این دوره از تشکیل اداره امور جدا شده و به ارگانهای دیگر انتقال یافتند.
با روی کار آمدن دولت جمهوری ا.ا، برای ایجاد روابط بهتر بین قوای ثلاثه، دفتر وزیر دولت در امور پارلمانی نیز تحت ریاست اداره امور فعالیتش را آغاز کرد که چندی بعد از بدنه این اداره جدا شد که ریاست عمومی اداره امور، در سال 1394 وظیفه دارالانشای شورای وزیران حکومت را نیز به عهده داشت و پس از آن به ریاست عمومی اداره امور و دارالانشای شورای وزیران مسمی گردید.
در میزان سال 1393 با روی کار آمدن دور سوم ریاست جمهوری، تشکیل ریاست دفتر مقام عالی ریاست جمهوری با اداره امور مدغم گردید، اما چند سال بعد بر اساس فرمان شماره (89) مؤرخ 20/4/1396 مقام عالی ریاست ج.ا.ا دوباره بحیث دو واحد مستقل بودجوی، تحت عناوین ریاست عمومی دفتر مقام عالی ج.ا.ا، و ریاست عمومی اداره امور ریاست ج.ا.ا، به فعالیت خویش آغاز نمودند.
بتاریخ 20/4/1396 واحد عملیاتی و حمایوی انکشاف ملی ریاست جمهوری ا.ا، با بست خارج رتبه در چوکات تشکیلات ریاست عمومی اداره امور ریاست ج.ا.ا، ایجاد و امور مالی، منابع بشری و ترانسپورت و خدماتی، ریاست عمومی اداره امور و ریاست دفتر مقام عالی، از طریق این اداره پیش برده میشد.